マイナ保険証の利用登録は、マイナポータルのログイン後のトップ画面で確認できます。
また、医療機関・薬局に設置されている顔認証端末は、利用登録の有無に関わらず、マイナンバーカードを用いて受付時の操作が可能です。利用登録をしている方は、受付の際、通常の受付画面に従って操作します。利用登録していない方は、自動的に利用登録画面に切り替わりますので、その場でマイナ保険証の利用登録が可能です。このほか、マイナポータルで利用登録の状況を確認後、そのまま利用登録ができるほか、セブン銀行のATMで登録が可能です。

紛失等によりマイナンバーカードを再発行する必要がある場合は、現在、カードの受け取りまでに1か月程度かかりますが、2024年12月から、最短5日程度での再発行が可能になります。紛失時には、24時間365日フリーダイヤルマイナンバーカード総合窓口（0120-95-0178）に利用停止の連絡をした上で、居住する市区町村で再発行できます。
なお、当健康保険組合へは「健康保険資格確認書滅失（再）交付申請書」の届出を行ってください。短期間（2か月間）有効の資格確認書を交付しますので、マイナンバーカードが再発行されるまでの期間は健康保険資格確認書を医療機関へ提示してください。

マイナンバーカードの電子証明書の有効期限が切れてしまったことが考えられます。通常マイナンバーカードの有効期限は10年ですが、電子証明書は登録日より5年で有効期限が到来します。有効期限切れより3ヶ月は使用できますが、3ヶ月を経過するとオンライン資格確認が行えなくなります。
有効期限到来者の情報は健保組合に共有されるため、職権により資格確認書を交付しますが、期限前に国から有効期限間近の通知が届くはずですので、お早めに手続きを行っていただくようにお願いします。

マイナンバーカードの健康保険証利用登録を行っていない加入者へは、健保組合より職権で資格確認書を交付いたします。資格確認書を医療機関の窓口に提示いただくことで、健康保険証と同様に医療給付を受けることが可能です。
なお、当健保組合では資格確認書は電磁的な方法により交付いたします。なお、使用には多要素認証可能なスマートフォンが必要となり、利用者一人につき一つのメールアドレスが必要となります。

マイナンバーカードを持っていない方には、健保組合より資格確認書を交付します。資格確認書を医療機関の窓口に提示いただくことで医療機関を受診することができます。
なお、障がい等により第三者による介助が必要な加入者に対しては、申請により資格確認書を紙の様式（はがき型）で交付します。交付には「健康保険資格確認書交付申請書」に必要事項をご記入のうえ、健康保険組合まで申請ください。

顔認証と暗証番号のいずれも対応できなかった場合は、医療機関・薬局の職員がカードの写真を確認して受け付ける方法（目視モード）が用意されています。
また、マイナ保険証の読み取りができない場合は、スマートフォンでマイナポータルにアクセスすることで、医療機関・薬局に自身の保険証番号や、受診に必要な情報をスマートフォンの画面で提示することができます。
システム障害や停電、機器の故障時には、マイナンバーカードを提示し、以下の対応を実施いただくことで、保険が適用され、自己負担割合分での受診が可能です（10割負担ではない）。
再診の場合：過去の受診時の資格情報の確認する
初診の場合：資格申立書に記載する
なお、マイナポータルに表示される保険資格の情報は、スマートフォンにダウンロードすることができます。一度、ダウンロードをすれば、マイナポータルにアクセスしなくても、医療機関・薬局にダウンロードした画面を提示することで、よりスムーズに受診できます。
また、保険証の新規発行の停止に伴い、保険資格の情報を記載した書類（資格情報のお知らせ）を該当する方々に送付します。スマートフォンを利用していない方は、マイナンバーカードと併せてこの書類を提示することで受診が可能です。

マイナンバーカード機能をiPhone・Androidともに搭載されるようになりました。2025年9月より一部の医療機関・薬局では、マイナンバー機能を搭載したスマートフォンで受診することが可能となっています。今後全国の医療機関へ拡大していくことが想定されています。