総収入額から差し引く必要経費については、所得税法上で認められている必要経費と異なり、それなしに事業が成り立たない経費（直接的必要経費）に限られます。そのため、減価償却費、租税公課、損害保険料、借入金利子、修繕費等については、原則として認められないものとされています。

実際の直接的必要経費の判断にあたっては、所得税青色申告決算書の損益計算書を提出してもらい、経費内訳から保険者が決定することになります。これは、「収入がある者についての被扶養者認定について（昭52.4.6 保発第9号厚生省保険局長通知より）」の通達のなかで、保険者の裁量権が認められていることによるものです。

これにより、保険者によって「直接的必要経費」として認められる科目や、認められる割合が異なる場合もあります。

なお、年間収入には、継続して得られる場合は公的年金などを含めてその種類を問わず、また課税・非課税に関わらず、原則としてすべてのものが含まれることとされています（旧社会保険庁監修『健康保険事務提要2』737頁・10など）。そのため、自営業によるものとは別に収入のある場合には、それらを合計して年間収入とする必要があります。