租税特別措置法第６８条の６に収支計算書の提出規定があります。同法によると公益法人等は年間の収入額が８、０００万円以下の場合を除き、原則として事業年度終了の日の翌日から４月以内にその事業年度の収支計算書を、主たる事務所の所在地の所轄税務署長に提出することになっています。ただし、収益事業を行っていることにより法人税の確定申告書を提出する公益法人等は対象から除かれます。健康保険組合は法人税法第２条第６号に規定する別表第二に掲げる法人で、公益法人等に該当します。提出する収支計算書は事業の種類ごとに収入が区分されている必要がありますが、他の法令により作成している場合にはその収支計算書を提出してよいことになっています。
　この収支計算書の提出制度は平成９年１月１日以後に開始する事業年度から適用されています。